Чтобы отформатировать флешку, ее необходимо найти в списке устройств:

Найдите в списке устройств свою флешку. Информация будет выглядеть примерно так:

В случае если флешка примонтировалась автоматически, что и происходит по умолчанию, то её необходимо отмонтировать (примонтированный раздел система форматировать не даст):

Ну а теперь можно и форматировать:

Готово, пользуйтесь.

Если нет желания так много нажимать клавиши, воспользуйтесь графической утилитой GParted.

Если нет - sudo apt-get install gparted